Становление научно-исследовательской работы Народной украинской академии проходило в рамках разработки комплексной научной темы «Формирование интеллектуального потенциала общества в условиях современных социальных трансформаций» (ГР № 0111U000011). В ходе работы над темой сформировалась базовая научная школа академии, основателем и многолетним руководителем которой является доктор исторических наук, проф. В. И. Астахова. С 2016 г. школу возглавляет доктор исторических наук, проф. Е. В.Астахова. С января 2018 г. началась системная работа над реализацией новой комплексной научной темы «Интеллектуальный потенциал общества в условиях перманентных социальных изменений: пути сохранения и развития» (ГР № 0117U005126).
В результате успешной работы над базовым научным направлением в академии сформировалось следующие дочерние научные школы:

• научная школа по истории образования (тема: «История развития образования в Украине» (ГР №0116U006528), руководитель - проф. Е. В. Астахова);
• научная школы по социологии образования (тема: «Потенциал непрерывного образования в развитии социального партнерства» (ГР № 0117U005127), руководитель – проф. Е. Г. Михайлева);
• научная школа по экономике образования («Институциональные аспекты развития культурного капитала общества» (ГР № 0115U006729), руководитель – доц. Тимохова Г. Б.);
• научная школа по экономике предприятия (тема: «Предприятие как субъект инновационного развития экономики (ГР № 0113U003022), руководитель – проф. О. Л. Яременко);
• научная школа по филологии (тема: «Лингвистические исследования как теоретический фундамент подготовки специалиста, соответствующего современным мировым требованиям и стандартам» (ГР № 0117U001473), руководитель – проф. Т. М. Тимошенкова).

Также в ХГУ «НУА» оформилось несколько научных направлений, среди которых:

• научное направление по образовательному праву (тема: «Исследование проблем правового регулирования образовательной деятельности в Украине» (ГР № 0115U006730), руководитель – проф. В. В. Астахов);
• научное направление по теории и практике перевода (тема: «Перевод как важнейшее средство вторичной коммуникации» (ГР № 0113U003021), руководитель – доц. Ивахненко А. А.;
• научное направление по педагогике (тема: «Культурно-образовательная среда как система условий формирования личности ученика и учителя в инновационном учебном заведении (ГР № 0116U006527), руководитель – доц. З. И. Шилкунова).