Перші нагороди ХГУ «НУА» здобув практично в перший рік існування – у 1991/92 навчальному році. Це були грамоти міського та обласного рівня. Про державне та міжнародне визнання можна говорити приблизно з другої половини 90-х років.

У 1997 році ректор НУА доктор історичних наук, професор В. І. Астахова отримала орден княгині Ольги III, а у 2004 році - II ступеня за особистий внесок у розбудову освіти.

Колектив НУА отримав перші грамоти МОН України у 2003 році. Систематичне визнання заслуг викладачів, співробітників, студентів, школярів НУА почалося 90-х років ХХ століття і триває дотепер.

На особливу увагу заслуговують нагороди студентського комітету ХГУ «НУА». У 2005 році в м. Київ студком отримав Грамоту та Премію Кабінету Міністрів України за внесок молоді в розбудову держави.

Нагороди та досягнення НУА дозволяють зробити висновок про те, що навчальний комплекс має визнання на міжнародному й загальнодержавному рівнях. Найбільша кількість нагород і відзнак у ректора академії. Багато викладачів і співробітників (близько 70%) отримали різні нагороди, почесні звання, дипломи та грамоти; нагороджені знаками «Відмінник освіти України» та «За розбудову освіти», є володарями почесних знаків Міністерства освіти та науки України імені В. Сухомлинського, С . Русової та ін.

Щороку студенти та школярі отримують іменні стипендії мера, програми «Обдарованість» і тощо.

Перелік найбільш значущих нагород:

18 серпня 1997 р. ректор Народної української академії В. І Астахова нагороджена орденом княгині Ольги III ступеня (під номером №1) за великий «...особистий внесок у духовне відродження України, вирішення проблем сім'ї, жінок і дітей, професійну і громадську діяльність на благо українського народу». Ректор ХГУ «НУА» Астахова В. І. нагороджена орденом княгині Ольги II ступеня. 21 серпня 2004 р.

12 листопада 2003 р. колектив академії нагороджено Почесною грамотою Кабінету Міністрів України.

23 червня 2005 р студентський комітет громадської молодіжної організації «Студентський союз ХГУ «НУА» став лауреатом Премії Кабінету Міністрів України «За внесок молоді у розбудову держави».

Музей історії Народної української академії здобув звання «Зразковий музей».

18 вересня 2009 р. в місті Болонья (Італія) ректор Народної української академії В. І. Астахова підписала Велику Хартію університетів.

Академія стала переможцем Першого всеукраїнського конкурсу «Краще підприємство для родини».

Академія здобула перемогу в національному етапі Європейського конкурсу корпоративного волонтерства в номінації «Мала компанія».

Президія Центрального комітету профспілок працівників освіти нагородила Народну українську академію Грамотою та Почесною відзнакою «За соціальне партнерство».

Нагороди колективу НУА: Почесний знак «Слобожанська слава» Харківської обласної ради. Грамота колективу академії на честь 25-річчя від Української православної церкви; від президії Національної академії наук України.

За високі результати роботи, щодо впровадження експерименту зі становлення модуля безперервної гуманітарної освіти колектив академії нагороджено грамотою Департаменту науки та освіти Харківської обласної державної адміністрації.

Перший ректор ХГУ «НУА» доктор історичних наук, професор Валентина Іларіонівна Астахова нагороджена Почесною грамотою Міністерства освіти і науки України за багаторічну роботу, значний особистий внесок у підготовку висококваліфікованих фахівців.

Колектив ХГУ «НУА» нагороджено Почесною грамотою Міністерства освіти та науки України за багаторічну працю, значний внесок у підготовку висококваліфікованих фахівців і плідну науково-педагогічну діяльність.

До 25-річчя НУА Президент НАН України академік Б. Є. Патон підписав «Подяку» трудовому колективу ХГУ «НУА» за вагомий внесок у справу інтеграції вищої школи та науки.