Відкрито 9 жовтня 1999 року. У 2010 році за активну роботу з формування патріотизму та громадянськості учнівської молоді та студентства був удостоєний звання «зразковий вузівський музей».

У квітні 2015 року музей розпочав свою роботу в новому реконструйованому приміщенні площею понад 100 м², де в логічній послідовності розміщені 28 стендів і 14 вітрин, які висвітлюють всі сторони життя інноваційного навчально-наукового комплексу безперервної освіти.

Значне місце на його стендах займає історія становлення освіти на Харківщині, починаючи від церковно-парафіяльних шкіл і Харківського колегіуму, першого університету, відкритого у 1805 році в Східній Україні до сьогоднішнього освітнього потенціалу, що включає більше 70 вузів III і IV рівнів акредитації та 200 загальноосвітніх шкіл.