Становлення науково-дослідної роботи Народної української академії проходило у рамках розробки комплексної наукової теми «Формування інтелектуального потенціалу суспільства в умовах сучасних соціальних трансформацій» (ДР № 0111U000011).

В ході роботи над темою сформувалася базова наукова школа академії, засновником та багаторічним керівником якої є доктор історичних наук, проф. В. І. Астахова. З 2016 р. школу очолює доктор історичних наук, проф. К. В.Астахова. З січня 2018 р. розпочалася системна робота над реалізацією нової комплексної наукової теми   «Інтелектуальний потенціал суспільства в умовах перманентних соціальних змін: шляхи збереження і розвитку» (ДР № 0117U005126).

У результаті успішної роботи над базовим науковим напрямком в академії сформувалися наступні дочірні наукові школи та наукові напрями: 

• Наукова школа з історії освіти. Тема: «Історія розвитку вищої освіти в Україні: регіональні особливості» (ДР № 0121U000193). Наук. керівник – д-р іст. наук, проф. Астахова К. В.
• Наукова школа з соціології освіти. Тема: «Потенціал безперервної освіти у розвитку соціального партнерства» (ДР № 0117U005127). Наук. керівник – д-р соціол. наук, проф. Михайльова К. Г.
• Наукова школа з економіки. Тема: «Інституційні умови відтворення інтелектуального капіталу в умовах трансформаційних процесів в економіці» (ДР № 0118 U000835). Наук. керівник – д-р екон. наук, проф. Яременко О. Л.
• Науковий напрям з філології. Тема: «Лінгвістичні дослідження як теоретичний фундамент підготовки спеціаліста, що відповідає сучасним світовим вимогам та стандартам» (ДР № 0117U001473). Наук. керівник – канд. філол. наук, проф. Змійова І. В.
• Науковий напрям з освітнього права. Тема: «Освітнє законодавство: проблеми та перспективи» (ДР №0121U000197). Наук. керівник – канд. юрид. наук, проф. Астахов В. В.