Народна українська академія, яка є з 1997 року експериментальним майданчиком Міністерства освіти і науки України та автором-засновником регіонального експериментального комплексу з відпрацювання нового освітнього модуля, всі напрямки своєї діяльності підпорядковує реалізації науково-дослідного проекту по становленню та розвитку навчального закладу нового типа, який являє інноваційну модель неперервної освіти.

Основними пріоритетами по НДР в НУА є:

- реалізація експерименту з відпрацювання нового освітнього модуля;

- розвиток наукових шкіл;

- робота аспірантури і докторантури як джерела підготовки і підвищення кваліфікації науково-педагогічних кадрів;

- публікація результатів наукових дослідів з комплексної тематики;

- діяльність Студентського наукового товариства і Асоціації молодих вчених.

Науковим колективом НУА виконується довгострокова комплексна тема: «Інтелектуальний потенціал суспільства в умовах перманентних соціальних змін: шляхи збереження та розвитку» (ГР № 0117U005126). Науково-дослідна робота НУА здійснюється відповідно Перспективному плану НДР до 2035 року у межах наукової школи під керівництвом проф. Астахової К. В. та передбачає розробку єдиної наукової проблеми. У виконанні наукових дослідів за темою беруть участь викладачі всіх кафедр НУА, співробітники наукових лабораторій, педагоги спеціалізованої економіко-правової школи. Виконання комплексних наукових дослідів в НУА здійснюється у різних формах: регулярно проводяться наукові конференції і семінари, у том числі і міжнародного рівня, розвивається аспірантура і докторантура, щорічно видається науковий збірник статей «Вчені записки ХГУ «НУА», на кафедрах академії працюють наукові гуртки. Студенти НУА є призерами багатьох міських, регіональних, всеукраїнських та міжнародних конкурсів і олімпіад. За період свого існування НУА встигла створити власні наукові школи.