Ідея створення НУА як модуля неперервної освіти розроблялася із середини 1980-х років. На початку 1990-х стали з'являтися перші правові акти, що дозволяли відкривати приватні навчальні заклади.
29 травня 1991 року відбулася установча конференція зі створення громадської організації «Народна українська академія».
За ухвалою конференції ректором створюваного комплексу було обрано доктора історичних наук, професора, заслуженого працівника освіти України Валентину Іларіонівну Астахову.
1 вересня 1991 р. почалися заняття в перших трьох класах економіко-правової школи (СЕПШ).
10 жовтня 1991 р. відкрилася Дитяча недільна школа (пізніше перейменована на Дитячу школу раннього розвитку - ДШРР) для дітей 4–6 років.
3 січня 1992 р почали роботу курси для абітурієнтів, які згодом були перетворені в ФДП - факультет довузівської підготовки.
12 вересня 1992 року відбулося відкриття Вищої гуманітарної школи НУА. Розпочали роботу два факультети: «Бізнес-управління» (спеціальність – економіка підприємства) та «Референт-перекладач» (спеціальність – прикладна лінгвістика).
Улітку 1993 р. при факультеті «Бізнес-управління» було відкрито нове відділення соціальних працівників, яке згодом перетворилося на самостійний факультет «Соціальний менеджмент».
18 червня 1993 року ХГІ «НУА» отримав ліцензію Міністерства освіти України за трьома напрямками (ліцензія № 2-2 / 1-151 від 30.06.93):
6.05.01. Економіка. Спеціальність: економіка підприємства.
6.04.02. Соціологія. Спеціальність: прикладна соціологія.
6.03.05. Філологія. Спеціальність: прикладна лінгвістика.
Водночас проходив і успішно завершився (листопад 1995 р.) процес ліцензування Спеціалізованої економіко-правової школи з поглибленим вивченням іноземних мов, що є невід'ємною складовою навчально-освітнього комплексу ХГІ «НУА».
Академія розвивалася, разом із нею зароджувалися й розвивалися традиції академічного життя. У грудні 1992 р відбувся перший КВН, що став традиційним. У квітні 1993 р було проведено студентську наукову конференцію, яка згодом набула статусу міжнародної і щороку збирає понад 200 учасників. Улітку 1994 року – перша педагогічна практика студентів у дитячих оздоровчих таборах, а сьогодні вожаті НУА працюють у дитячих таборах Харківської області та Приазов'я, їздять на стажування до Албанії, Туреччини, у волонтерські табори.
Восени 1994 року з легкої руки «первістків» НУА було проведено «Студентський екватор», що став традиційним святом ІІІ курсу. У березні 1995 року відбулося перше свято «День сім'ї», яке стало початком головного академічного конкурсу «Історія моєї сім'ї», того ж року вийшов перший номер багатотиражної газети «Academia», яка стала справжньою трибуною й дзеркалом життя НУА, а згодом була відзначена багатьма високими нагородами.
З 2002 р. Академія функціонує як вищий навчальний заклад IV рівня акредитації (рішення державної акредитаційної комісії від 9 квітня 2002 року, протокол № 38), і з 1997 року – як експериментальний майданчик МОН України з відпрацювання нового освітнього модуля неперервної освіти (наказ № 39 від 13.02.1997).
Народна українська академія сьогодні:
- перший і єдиний в Україні навчально-науковий комплекс, що завершив багаторічний соціальний експеримент зі становлення авторської моделі безперервної освіти;
- за рейтингом закладів вищої освіти країн СНД входить у п'ятірку кращих університетів м. Харкова (Сертифікат Міжнародного рейтингового агентства «Експерт РА»);
- визнана переможцем Європейського конкурсу волонтерських програм в Україні за програмою Діалог +;
- є членом Міжнародної асоціації університетів;
- є учасником підписання Великої Хартії університетів світу;
- здійснює договірні відносини з 27 університетами світу;
- НУА входить до першої десятки кращих приватних навчальних закладів України, оцінюється як один з провідних закладів вищої освіти в українській національній системі освіти.