Становлення науково-дослідної роботи Народної української академії проходило у рамках розробки комплексної наукової теми «Формування інтелектуального потенціалу суспільства в умовах сучасних соціальних трансформацій» (ГР № 0111U000011). В ході роботи над темою сформувалася базова наукова школа академії, засновником та багаторічним керівником якої є доктор історичних наук, проф. В. І. Астахова. З 2016 р. школу очолює доктор історичних наук, проф. К. В.Астахова. З січня 2018 р. розпочалася системна робота над реалізацією нової комплексної наукової теми   «Інтелектуальний потенціал суспільства в умовах перманентних соціальних змін: шляхи збереження і розвитку» (ГР № 0117U005126).

У результаті успішної роботи над базовим науковим напрямком в академії сформувалися наступні дочірні наукові школи:

– наукова школа з історії освіти (тема: «Історія розвитку освіти в Україні» (ГР №0116U006528), керівник - проф. К. В. Астахова)  

– наукова школа з соціології освіти (тема: «Потенціал неперервної освіти у розвитку соціального партнерства» (ГР № 0117U005127), керівник – проф. К. Г. Михайльова)

– наукова школа з економіки освіти («Інституціональні аспекти розвитку культурного капіталу суспільства» (ГР № 0115U006729), керівник – доц. Тимохова Г. Б.)  

– наукова школа з економіки підприємства (тема: «Підприємство як суб’єкт інноваційного розвитку економіки (ГР № 0113U003022), керівник – проф. О. Л. Яременко) 

– наукова школа з філології (тема: «Лінгвістичні дослідження як теоретичний фундамент підготовки спеціаліста, який відповідає сучасним світовим вимогам і стандартам» (ГР № 0117U001473), керівник – проф. Т. М. Тимошенкова) .

Також в ХГУ «НУА» сформувалося декілька наукових напрямків, серед яких:

– науковий напрямок з освітнього права (тема: «Дослідження проблем правового регулювання освітньої діяльності в Україні» (ГР № 0115U006730), керівник – проф. В. В. Астахов) 

– науковий напрямок з теорії і практики перекладу (тема: «Переклад як найважливіший засіб вторинної комунікації» (ГР № 0113U003021), керівник – доц. Івахненко А. О.

– науковий напрямок з педагогіки (тема: «Культурно-освітнє середовище як система умов формування особистості учня і вчителя в інноваційному навчальному закладі (ГР № 0116U006527), керівник – доц. З. І. Шилкунова)